Die Entwicklung ermöglicht es Gen-Sequenzierungsunternehmen und Forschungseinrichtungen aus der ganzen Welt, genaue und effiziente Analysedienste in Anspruch zu nehmen und gleichzeitig die gesetzlichen Anforderungen des jeweiligen Landes zu erfüllen, was für das Gesundheitswesen und die Forschung geringere Kosten und höhere Effizienz bedeutet.

Chi-Biotech Co. Ltd. („Chi-Biotech“ oder „das Unternehmen“) gab bekannt, dass es nach zweijährigen Bemühungen seine FANSe-basierte Analyselösung der Next-Generation Sequencing erfolgreich auf Amazon Web Services (AWS) bereitgestellt hat. Die kostenlose und präzise Lösung ist nun für Kunden weltweit verfügbar und kann die Kosten erheblich senken und die Wirksamkeit für die Präzisionsmedizin und die wissenschaftliche Forschung weltweit erhöhen.

Bei der Sequenzierung der nächsten Generation (Next-Generation Sequencing) werden Milliarden von DNA-Fragmenten simultan sequenziert. Der Abgleich dieser Sequenzen mit dem Referenzgenom ist der erste Schritt bei fast allen biomedizinischen Anwendungen. Daher sind sowohl die Genauigkeit als auch die Geschwindigkeit notwendig. Da die Instrumente und experimentellen Verfahren seit langem standardisiert sind, sind die aktuellen algorithmischen Pipelines unzufriedenstellend: Wiederholte Tests derselben Probe liefern oft völlig unterschiedliche Ergebnisse, und die Analyse dauert oft Tage. Chi-Biotech hat die Algorithmen der FANSe-Serie entwickelt, um diese Probleme zu lösen. Es priorisiert die Genauigkeit, ohne die Geschwindigkeit zu beeinträchtigen. In Anwendungen wie der Suche nach Genommutationen und der Transkriptom-Quantifizierung übertrifft es herkömmliche Algorithmen wie Burrows-Wheeler Alignment (BWA) und Bowtie in puncto Genauigkeit und Robustheit und ist dabei auch noch extrem schnell. Im Jahr 2020 stellte es den Weltrekord für die Analyse des gesamten menschlichen Genoms in nur fünf Minuten auf einem einzigen Computer und hält diesen bis heute.

FANSe benötigt High-End Servers, um seine extremen Geschwindigkeiten zu erreichen. Die kleinere Unternehmen und Privatpersonen kann es schwer zu leisten. Aus diesem Grund begann Chi-Biotech 2014 mit dem Aufbau einer Cloud-Plattform, um den Kunden NGS-Analysedienste mit nur einem Klick anbieten zu können. Heutzutage sind die meisten NGS-Analysen auf der Cloud-Plattform von Chi-Biotech kostenlos und öffentlich zugänglich, so dass die Kunden keine eigenen Server kaufen oder komplizierte Bioinformatikkenntnisse erwerben müssen. Immer mehr internationale Kunden haben ihr Interesse an der Nutzung dieses bemerkenswerten Algorithmus und der Cloud-Plattform bekundet. Um diese internationalen Unternehmen besser bedienen zu können, hat Chi-Biotech mit AWS zusammengearbeitet, um FANSe-basierte NGS-Analysen in lokalen AWS-Rechenzentren einzusetzen, um die gesetzlichen Anforderungen zu erfüllen, dass Sequenzierungsdaten ohne Sondererlaubnis nicht ins Ausland übertragen werden dürfen.

Dr. Gong Zhang, Mitbegründer von Chi-Biotech, sagte: „Die FANSe-basierte NGS-Analyse wurde jetzt auf der öffentlichen AWS-Cloud-Plattform eingerichtet. Es hat das Problem der Netzwerkbandbreite gelöst. Viele Nutzer können ihre Sequenzierungsdaten gleichzeitig hochladen und so die extreme Effizienz des FANSe-Algorithmus genießen. Die Ergebnisse sind einige Minuten nach dem Hochladen verfügbar, wenn genügend Serverknoten aufgerufen werden. FANSe erfordert keine Hardware-Beschleunigung, wie z. B. FPGAs (Field Programmable Gate Arrays) oder GPUs (Graphic Processing Units). Das bedeutet, dass AWS diesen Algorithmus in all seinen aktuellen Servern auf der ganzen Welt ohne zusätzliche Kosten bereitstellen kann, und dass er leicht für neue Anwendungsanforderungen aktualisiert werden kann. Die gesamte medizinische und wissenschaftliche Gemeinschaft auf der ganzen Welt kann von die Vorteile unseres ultraschnellen und genauen Algorithmus kostenlos profitieren. Gentests werden genauere und günstigere, wenn sie unser System nutzen.“

Informationen zu Chi-Biotech

Chi-Biotech ist ein Biotechnologieunternehmen mit Sitz in der Greater Bay Area Guangdong-Hongkong-Macao. Mit führender Omics-Technologie bietet Chi-Biotech komplette Omics-Lösungen mit hoher Genauigkeit und Geschwindigkeit an: Genomics – Transcriptomics – Translatomics – Proteomics, , mit dem Ziel einer genaueren und kosteneffizienteren Präzisionsmedizin und eines besseren Gesundheitsmanagements. Chi-Biotech nimmt am Human Proteome Project (HPP) teil, bietet Dienstleistungen im Rahmen seiner wichtigsten Ressourcensäule an und betreibt die Mirror der offiziellen Datenbank neXtProt in Asien. Chi-Biotech entwickelt auch kreative Produkte im Bereich der In-vitro-Diagnose (IVD) und der innovativen Medizin.

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